Les 151 navires composant la flottille du quartier maritime de Bayonne sont immatriculés BA et sont répartis dans 20 ports d’exploitation. On distingue 2 flottilles de navires complémentaires répartis de la façon suivante :
Ces 151 navires ont une puissance totale estimée à 42 525 KW et embarquent 844 marins. Qu’ils soient situés sur le territoire ou non, les armements subissent un vieillissement de leur flottille et de leurs équipages. Le renouvellement et la modernisation de la flottille et le renouvellement des générations de marins sont les deux principaux enjeux de l’activité pêche locale.