La côte basque rocheuse abrite 4 sites Natura 2000 animés par la CAPB, en partenariat avec le CIDPMEM 64-40 pour la partie marine. Ces 4 sites, 3 littoraux et 1 marin, couvrent une superficie de 10 000 km².
Le site Natura 2000 marin de la côte basque héberge plusieurs espèces et habitats d’intérêt communautaire , à savoir :
Suite aux diagnostics écologiques et socio-économiques du site marin, le Document d’Objectifs (DOCOB) décline 11 mesures pour le site natura 2000 marin de la côte basque :